南京大学德国校友会第三届组织机构是于2007年12月1日和2日在海德堡举行的全体校友大会上经过选举产生的。
会上确定了以下的理事会成员，相应的职务及工作重点：
| 职务 | 校友 | 主要任务 |
| 会长 | 王荣虎 | 代表校友会 |
| 副会长 | 朱家刚 | 协助会长，兼任国内分会会长 |
| 秘书 | 王雪华 | 协助会长处理日常工作 |
| 财务理事 | 唐志红 | 财务管理和税务局事务 |
| 法务理事 | 虞蓉 | 法律咨询和相关事务 |
| 对内联络 | 孙宁（男） 施匡宇 |
通讯录，会员发展 内部校友联络 |
| 对外联络 （外籍） |
Sasika Kronewitter 夏碧薇 梁雨霞 |
联系德籍校友，德文宣传 对外宣传 |
| 对外联络 （华人） |
周晓儒 刘旭 |
代表校友会参加全德学联,维权活动 代表校友会参加全欧专业联合会 |
| 网络维持 | 殷炯 | 网络、论坛等相关事务 |
| 出纳 | 付茜 | 管理银行帐号 |
同时还设立了各个分会，并选出分会长：
| 国内分会 | 分会长：朱家刚 |
| 大慕尼黑区分会 | 分会长：辛志净 |
| 大海德堡区分会 | 分会长：刘旭 |
| 卡尔斯鲁尔区分会 | 分会长：李正华 |
| 斯图/图宾根区分会 | 分会长：冯莉 |
| 柏林区分会 | 分会长：殷炯 |
| 科隆/杜塞及西德区分会 | 分会长：待定 |
| 哥廷根及北德区分会 | 分会长：王倩，胡睿 |